医院建设中成本是指医院在开展医疗服务过程中发生的各种消耗，其中包括医疗业务成本和管理费用。医院全成本核算最终应体现在医疗成果上。能够反映最终医疗成果的是门诊医疗的各科室和住院临床的各科室。医技科室只是医疗过程的一部分或是一个过程，而不是最终的医疗产品；全成本核算过程对各级各类科室成本都要核算和反映，但它不是终点，要归集分配到门诊和住院名。
(1)数据交换
医院建设中实现成本核算系统与其他系统的数据交换功能。包括：HERP外部系统和HERP系统内容各产品的数据交换。可以支持EXCEL/ACCESS等多种数据交换格式，并提供数校验功能，及时发现数据交换过程中可能出现的各类错误，帮助用户方便、准确的完成数据采集工作。
(2)收入数据
提供收入数据的维护工作，包括增加、修改、删除、查询等各种功能，并提供收入数据的按照开单科室、执行科室、收费类别的统计汇总功能。
(3)成本数据
医院建设中提供直接成本、待冲基金和内部服务数据的维护工作，包括增加、修改、删除、查询等各种功能。
(4)分摊管理
医院建设中实现了按照“四级分摊法”对医院成本数据的分摊，完成全成本核算工作，提供了全成本分摊、待冲基金分摊处理，并提供了分摊前的数据校验，确保分摊结果的准确性。可以根据用户需求灵活的设置各种分摊方法。
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